La Universidad Mayor de la República se inauguró el 18 de julio de 1849 en la capilla de San Ignacio, en cumplimiento del decreto del 14 de julio de 1849 promulgado por el presidente Joaquín Suárez.

La Universidad comienza a funcionar en la Casa de los Ejercicios, en las actuales esquinas de Sarandí y Maciel. Durante su primer semestre de vida, la Universidad Mayor de la República se aboca a la redacción de su Reglamento Orgánico, que es aprobado por decreto el 2 de octubre de 1849 y que reprodujo el modelo de universidad napoleónica, la cual ponía bajo la órbita de la universidad la totalidad de la instrucción pública: primaria, secundaria y superior.

De acuerdo con este reglamento, la enseñanza superior fue agrupada bajo la denominación de «científica y profesional» en cuatro facultades: Ciencias Naturales, Medicina, Jurisprudencia y Teología. La administración quedó a cargo de un rector, un vicerrector y un consejo. A su vez, se creó la Sala de Doctores, cuya función era la de evaluar la gestión de las autoridades y proponer, mediante el voto de sus integrantes, la terna de candidatos a rector. Esta sala es la antecesora de la actual Asamblea General del Claustro y estaba integrada por consejeros, catedráticos y graduados. La mayoría de los graduados eran bachilleres y, a su vez, estudiantes de la Facultad de Jurisprudencia, la única que funcionó durante las dos primeras décadas.

En adelante, el devenir histórico de la institución será signado por una serie de etapas que acompañan el contexto social y cultural, así como por los cambios en materia del pensamiento científico a nivel internacional.

En la actualidad, nos podríamos ubicar (según las memorias de nuestra institución) en la séptima de esas etapas, situada a la salida de la dictadura cívico militar que finalizó en 1985. Durante ese período, la Universidad de la República (Udelar) fue intervenida y obligada a dejar de investigar y de hacer extensión, y su nivel de enseñanza decae. En resumen, dejaron de cumplirse los fines de la Universidad establecidos en el artículo 2.o de su Ley Orgánica.

Las principales características del funcionamiento de nuestra universidad en el período actual (1985 a la fecha) son las siguientes:

Se reimplantó el cogobierno de los tres órdenes y se reeligieron los decanos y el rector, que fueran destituidos en 1973. Se reincorporaron docentes y funcionarios no docentes destituidos por la intervención y, en setiembre de 1985, se realizaron las elecciones de claustros, consejos y, luego, de decanos y rector para asumir la dirección de la Universidad por los siguientes cuatro años, hasta 1989.

La Udelar inicia, así, el camino de la renovación científica y tecnológica, la adecuación de sus carreras y el desarrollo de la docencia, la investigación y la extensión, para ajustarse a la nueva situación en que se encontraba el país, la sociedad y el mundo.

Se comienza a recorrer, entonces, un camino de apertura en torno a cuatro ejes: apertura institucional, social, regional e internacional.

A nivel institucional, se impulsa una política de convenios y acuerdos de cooperación con organismos estatales y empresas privadas para la ejecución de trabajos de investigación y asistencia técnica, lo cual brinda oportunidades a estudiantes e investigadores para extender sus actividades hacia el análisis y la búsqueda de alternativas a los problemas nacionales.

Entre los programas iniciados en esta época, debe destacarse el Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas (Pedeciba), creado en octubre de 1986 por un convenio entre el Poder Ejecutivo, representado por el Ministerio de Educación y Cultura, y la Universidad de la República, y con la activa participación del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD). Entre 1993 y 1997, el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (Conicyt) colaboró en la administración de fondos del préstamo Conicyt-BID para ciencia y tecnología. La Ley de Presupuesto Nacional de 1995 establece al Pedeciba como programa permanente. El programa se desarrolla en cinco áreas: biología, informática, física, matemática y química.

La apertura social de la Universidad consiste en su constante preocupación por realizar y difundir sus estudios sobre los problemas de la sociedad uruguaya, ampliando sus vínculos con diversas organizaciones sociales (sindicatos, asociaciones profesionales y de productores, y cooperativas, entre otros), labor que comprende actividades de investigación, extensión y asistencia.

La apertura regional ha llevado a la Universidad a un proceso de descentralización, abriendo servicios en el interior del país: la Regional Norte, las estaciones experimentales, las casas de la Universidad y los centros universitarios que se han ido creando en los distintos departamentos del Uruguay.

La apertura internacional ha consistido en promover la integración regional con universidades de los países limítrofes y una política de convenios con organismos internacionales, universidades y fundaciones de todo el mundo, intentando superar el aislamiento al que fue sometida por la dictadura.

En el ámbito interno también se procesan cambios estructurales, que se proponen transformar la federación de facultades que existe desde la ley de 1908 y, así, se comienza a agrupar las facultades por áreas de conocimiento.

Uno de los problemas que deben enfrentar las nuevas autoridades es el gran aumento en el número de estudiantes, que continuará creciendo en los años siguientes y para lo cual no hay infraestructura suficiente.

Los locales no alcanzan para albergar a los estudiantes y tampoco hay suficientes docentes. La relación docente-estudiante se hace crítica en algunos servicios. El presupuesto que el Poder Ejecutivo y el Legislativo le otorgan a la Universidad no se acerca a lo que esta solicita y, así, continúan superpoblándose las aulas y disminuye el poder adquisitivo de sus funcionarios docentes y no docentes.

Esta situación instala en la Universidad y en el país la discusión acerca de la restricción del ingreso y el cobro de matrícula, discusión aún en trámite, aunque a la interna de la Universidad se continúan defendiendo sus principios básicos de autonomía, cogobierno, gratuidad e ingreso libre.

En este período se crean las facultades de Ciencias y la de Humanidades y Ciencias de la Educación de la antigua Facultad de Humanidades y Ciencias; se crea la Facultad de Ciencias Sociales (1989, comienza a funcionar en 1991), unificando cursos que se dictaban en las facultades de Derecho, de Ciencias Económicas y en la Escuela de Servicio Social; el 15 de marzo de 1994 se crea la Facultad de Psicología. La Escuela Nacional de Bellas Artes y la Escuela de Enfermería, dependiente de la Facultad de Medicina, se transforman en institutos asimilados a facultad en 1994.

Se crean en este período, además, la Comisión Sectorial de Investigación Científica (CSIC, 1990), la Comisión Sectorial de Extensión y Actividades en el Medio (CSEAM) y la Comisión Sectorial de Enseñanza (CSE), unidades académicas cogobernadas encargadas de dirigir el desarrollo de la Universidad en sus respectivos campos.

En 1992, se crean la Comisión Sectorial de Educación Permanente (CSEP) y la Unidad Central de Educación Permanente (UCEP), para dar una respuesta orgánica a las demandas de actualización profesional de los egresados de la Universidad.

La Asociación de Universidades Grupo Montevideo surge en agosto de 1991, cuando los rectores de las universidades que la componen suscriben un acta de intención fundacional en Montevideo. El proceso fundacional llevó aproximadamente un año hasta que, aprobados sus estatutos, la institución fue anotada en el Registro de Personas Jurídicas de Derecho Internacional Uruguayo. Las doce universidades que se integraron a este proceso son públicas, autónomas y autogobernadas, y ponen a disposición de las demás sus recursos humanos y materiales.

A su vez, la Universidad acrecentó sus vínculos con la Unión de Universidades de América Latina y el Caribe (Udual) con sede en México, de la cual es miembro fundador (1949) y de la que forman parte la mayoría de las universidades latinoamericanas, públicas y privadas.

En julio de 1999, la Universidad festeja los 150 años de su instalación: actos y festejos con importantes invitados se suceden, recordando su larga y prolífera trayectoria.

En el mes en que la Universidad cumplía sus 150 años, la Facultad de Ciencias inaugura su nuevo edificio en Malvín Norte. La estructura del edificio corresponde a la planeada residencia universitaria propuesta por el rector Mario Cassinoni (1954-1964), que quedó a medio construir.

En el año 2000, comienza en el Área Artística un proceso tendiente a conformar una Facultad de Artes, unificando en un solo servicio a la Escuela Universitaria de Música y al Instituto Escuela Nacional de Bellas Artes. Al día de hoy el proceso no se ha completado, pero se encuentra muy avanzado; colaboró con esto la adquisición por parte de la Universidad de la República del edificio del ex Liceo Francés en Av. 18 de Julio entre Gaboto y Emilio Frugoni, que fue cedido a la futura Facultad de Artes.

En agosto de 2004, una resolución del Consejo Directivo Central transforma al Instituto Nacional de Enfermería asimilado a facultad, en la Facultad de Enfermería. La antigua Escuela Nacional de Enfermería, dependiente de la Facultad de Medicina, se había convertido en instituto asimilado a facultad en agosto de 1994.

En el año 2005, un nuevo proceso de conformación de una facultad da comienzo. La Licenciatura en Ciencias de la Comunicación y la Escuela Universitaria de Bibliotecología y Ciencias Afines, servicios dependientes del Rectorado, dan los primeros pasos hacia la conformación de la futura Facultad de la Comunicación y la Información.

En su sesión del 6 de diciembre de 2005, el Consejo Directivo Central toma conocimiento del texto del decreto de transferencia del Instituto Superior de Educación Física (ISEF) a la Universidad de la República.

Con gran concurrencia, se celebraron, el viernes 17 de julio de 2009, en la sede del PIT-CNT, los 160 años de la Universidad de la República. Ante tres generaciones universitarias, y dirigentes y militantes sindicales, el rector Rodrigo Arocena reconoció que la Udelar no ha hecho poco, pero señaló que, para hacer lo que debe, se requiere una importante renovación de protagonismos y de participación. «Necesitamos que las generaciones de relevo sientan que la cancha es de ellos. Si somos capaces de abrir espacio a nuevos protagonistas, entonces podemos decir: lo mejor empieza mañana».

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